Bersamaan dengan hal di atas, terdapat issue yang besar mengenai transfer pricing di Indonesia. Pihak Direktorat Jendral Pajak pun berbenah untuk dapat mengimbangi perkembangan dunia usaha ini.
Beberapa peraturan pajak penting (yang semakin menyesuaikan diri dengan OECD Guidelines) berkenaan dengan transfer pricing di Indonesia adalah sebagai berikut:
(a)* Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-01/PJ.7/1993 tentang Pedoman Pemeriksaan Pajak Terhadap Wajib Pajak yang Mempunyai Hubungan Istimewa
dicabut dan dinyatakan tidak berlaku dengan adanya
(a)* Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-22/PJ/2013 tentang Pedoman Pemeriksaan Terhadap Wajib Pajak yang Mempunyai Hubungan Istimewa
(b)* Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-43/PJ/2010 tentang Penerapan Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha dalam Transaksi Antara Wajib Pajak dengan Pihak yang Mempunyai Hubungan Istimewa
dengan perubahannya
(b)* Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-32/PJ/2011 tentang Perubahan atas Peraturan Jenderal Pajak Nomor PER-43/PJ/2010 Tentang Penerapan Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha dalam Transaksi Antara Wajib Pajak dengan Pihak yang Mempunyai Hubungan Istimewa